El régimen municipal establecido en las ciudades hispanoamericanas, pese a que la legislación española aseguraba igualdad y los mismos derechos que los que se disfrutaba en la metrópoli, no correspondió al sistema político autonómico que regía entre los siglos XI y XIII para las ciudades peninsulares.

Los ayuntamientos de entonces estaban caracterizados por sus fueros y una destacada presencia de la ciudadanía. España,debilitó elsistema municipal colonial para fortalecer el poder real. Esta institución fue el último peldaño de una administración que tenía como cabeza al rey. Y en forma descendente, el Consejo de Indias, la Casa de Contratación, los Virreyes, los Presidentes y Capitanes Generales, las Reales Audiencias, los Gobernadores y finalmente, los Cabildos.

El municipio español y su estructura burocrática administrativa fue trasplantado a las colonias americanas sin la fuerza autonómica que alcanzó durante la expulsión de los moros y la reorganización del reino. Pese a esta dependencia, o si se quiere debilidad del Municipio, era la primera institución administrativa que, apenas cumplidas las formalidades de una fundación, quedaba establecida como su rectora. De esa forma, todo acto referido al nuevo “poblamiento” correspondía a la institución municipal.

La ciudad de Guayaquil por su condición de tal, tenía dos jueces municipales, con título de Alcalde Mayor (de primer voto), y Alcalde Ordinario (de segundo voto), los cuales ejercían su autoridad administrativa junto con el Regimiento, compuesto por los concejales, que en el caso de Guayaquil eran doce.

El Alférez Real, era el abanderado de la ciudad, portador del Estandarte Real en los actos oficiales. La policía urbana y la rural, estaban regidas por el Alguacil Mayor y el Alcalde de la Santa Hermandad. Tres oficiales de la Hacienda Real eran los encargados del manejo de los tributos reales y municipales.

La consolidación del nuevo asentamiento urbano, que empezaba por el trazado de sus vías y la adjudicación de solares entre los avecindados, eran de la entera responsabilidad y obligación de los regidores y procuradores municipales. Debían, además, estimular a los vecinos a la construcción de sus viviendas y exigir a los morosos el cumplimiento de esta obligación adquirida y cultivarlos sembrados dentro del término estipulado. Dos Fieles Ejecutores, encargados de la observancia de lo anterior, debían exigir al vecindario rapidez en todas las faenas y, además, controlar los pesos y medidas y encabeza bandos jurados en cada Parroquia.

El Procurador General, si bien no pertenecía al Cabildo, era juez de última instancia, un Mayordomo, un Escribano de Concejo, un Depositario General. Además, dos Escribanos públicos, uno de Minas y Registros, un Pregonero mayor, un Corregidor de lonja, y dos Porteros, que en realidad no eran miembros sino empleados de menor cuantía.

Habían otros cargos que podían ser ejercidos por los regidores, como mayordomo de la ciudad, defensor y juez de menores, tenedor y juez de los bienes de difuntos, defensor de pobres, alcaldes de barrio, alcaldes mayores de indios, alcaldes de aguas y de los oficios artesanales.

De todo lo relacionado a la incipiente población, se encargaba el Concejo, de allí que, tanto virreyes como gobernadores, quienes eran los únicos autorizados para hacer concesiones y asignaciones, estaban en la obligación de consultar la opinión de los ayuntamientos de cada ciudad o villa en que se llevarían a cabo.

Por eso, las tareas de la competencia municipal eran muy amplias: controlar la entrega de lotes para los edificios, hasta asignar espacios de pastoreo destinados a la crianza de ganados y sus abrevaderos. Ninguna solicitud de gracia, podía efectuarse sin el conocimiento previo y la consulta al Cabildo, el cual elevaba a las instancias superiores su aprobación o no.

Entre los personajes administrativos, el que más destacada participación tenía, era el Procurador General. Este era responsable de la promoción y defensa de los intereses de la ciudad, y de ser portavoz de los habitantes ante el Cabildo, la Audiencia, la Corona, etc.

La constitución legal del Ayuntamiento, se daba con la participación de los vecinos, los cuales, además de constar en los registros de su comuna, habían arraigado su residencia mediante la construcción de viviendas, desarrollando actividades agrícolas o crianza de animales.

Los regidores, o concejales, tenían que resolver los asuntos de su competencia por mayoría, sin embargo, previamente debían contar con la opinión del Procurador, quien tenía “asiento, voz y voto en el Cabildo”.

El Cabildo operaba como juzgado de primera instancia, al cual estaba sometida la vigilancia de los intereses ciudadanos; resolver disputas internas, cobrar impuestos, registrar las transacciones de mayor cuantía, y el traspaso de inmuebles. Debía castigar los delitos públicos, y responder por la salud tanto física como espiritual del vecindario.

La distancia que mediaba con la Península, y la lentitud de los procesos, con el paso del tiempo, obligó al Cabildo, además de reglar sus propias atribuciones, incrementar sus ingresos y bienes, a intervenir en la tributación, trabajo de los indígenas, uso del agua, medidas para prevenir incendios, defensa de ataques de piratas, etc., todo lo cual se cumplía mediante la promulgación de ordenanzas.